BENDRA MOKESČIŲ POLITIKA. J. C. Junckeris pasiūlė atsisakyti valstybių narių veto teisės sprendžiant kai kuriuos  mokesčių klausimus. Lietuva tam nepritaria. Vyriausybėje vyrauja nuomonė, kad liberalesnė mokesčių politika gali padidinti Lietuvos konkurencingumą. Tokios pat pozicijos laikosi Airija, Liuksemburgas, Malta, kitos Baltijos šalys. Gilesnės integracijos šalininkai kontrargumentuoja, kad tik ES galėtų priversti Lietuvą imtis veiksmingesnės socialinės politikos išplečiant mokesčių bazę. Prancūzija ir kai kurie kiti vakariečiai mokesčių harmonizavimo siekia, argumentuodami būtinybę užtikrinti vienodą socialinę apsaugą ir užkirsti kelią nesąžiningai konkurencijai. Diplomatai abejoja, ar J. C. Junckerio pasiūlymas gali būti įgyvendintas artimiausiu metu, nes vienbalsiškumo atsisakyti galima tik pritarus visoms šalims.

BENDRA UŽSIENIO POLITIKA. Komisijos vadovas sako, kad kai kuriais užsienio politikos klausimais pakaktų kvalifikuotos balsų daugumos. Anot jo, tai sustiprintų Europos vaidmenį tarptautinėje arenoje – ES ne tik teiktų paramą, bet ir priimtų sprendimus. Svarbiausiais užsienio politikos klausimais Lietuva nori išsaugoti veto teisę, nes valstybių narių ir institucijų pozicijos vis dar dažnai išsiskiria. Lietuvių abejonių išsklaidyti nepadės ir tai, kad metinėje kalboje J. C. Junckeris net nepaminėjo Rusijos agresijos Ukrainoje. Visgi kai kurie Lietuvos diplomatai neatmeta galimybės, kad atsisakyti veto teisės būtų galima keliose siaurose srityse, pavyzdžiui, dėl ES misijų, rengiant pozicijas dėl žmogaus teisių arba jei nauja tvarka leistų išvengti veto dėl sankcijų Rusijai pratęsimo.

BENDRA PASIENIO APSAUGA. Europos Komisijos pirmininkas pasiūlė sukurti papildomas 10 tūkst. Europos pasieniečių pajėgas iki 2020 metų. Lietuva visada pasisakė už stipresnę sienų apsaugą diskusijose dėl migracijos politikos – kartais kaip alternatyvą pabėgėlių pasidalijimui. Derybose lietuviai stengsis, kad bendrų išteklių būtų skiriama stiprinti sienų apsaugą ne tik Pietų Europoje, siekiant užkirsti kelią migrantų srautams, bet ir stiprinant Lietuvos pasienį su Rusija ir Baltarusija. Teoriškai svarstoma, kad kitų šalių pasieniečių atvykimas į Lietuvą galėtų sumažinti korupciją ir Rusijos provokacijų riziką. Lietuva taip pat yra pateikusi iniciatyvą įdiegti vienodus sienos apsaugos standartus ir diskusijose toliau sieks paramos šiai idėjai.

EURO STIPRINIMAS. J. C. Junckeris žadėjo pateikti pasiūlymus sustiprinti euro tarptautinį vaidmenį, kad tam tikrose srityse atsiskaitymus JAV doleriais pakeistų atsiskaitymai eurais. Ekonomine prasme Lietuvai kaip euro zonos narei stipri bendra valiuta yra svarbi, bet lietuviai abejoja, kiek šis pasiūlymas yra realus, ir nerimauja, kad tai nebūtų tiesiog dar vienas frontas ginčuose su Jungtinėmis Valstijomis. Nepaisant įtampų su Donaldo Trumpo (Donaldo Trampo) administracija, Lietuva ir toliau siekia kuo didesnio JAV vaidmens Europoje, nes laiko amerikiečius svarbiausiu savo saugumo garantu. Briuseliui parengus konkretų pasiūlymą, Lietuvos pareigūnai atidžiai vertintų, ar tai atsilieptų šalies energetikai, įvertinus amerikietiškų suskystintų gamtinių dujų importą.

EUROPINIŲ PARTIJŲ STIPRINIMAS. J. C. Junckeris išsakė lūkestį, kad jo įpėdinis būtų renkamas europinėms partijoms iš anksto pateikus savo kandidatus, o 2024 metais Europos Parlamento rinkimuose atskirus sąrašus visose valstybėse pakeistų bendri europiniai sąrašai. Tokie sprendimai apsunkintų Lietuvos politikų galimybes patekti į svarbias ES institucijas, nes Europos partijų viršūnėse vis dar įsitvirtinę politikai iš Vakarų Europos, o Lietuvos partijų lyderiai europinių ambicijų nerodo. Todėl Lietuva sieks išlaikyti dabartinę tvarką, kuri yra palankesnė mažesnėms šalims.